وتولى أنطونيو سانتوس مهام قيادة ريال مدريد في الفترة الأولى عقب الحرب الاهلية الاسبانية، وكانت اسبانيا تشهد آنذاك مرحلة حرجة جدا، بقيود سياسية واقتصادية ورياضية. ولم تكن مهام رئيس النادي سهلة، حيث تعيّن عليه إعادة بناء النادي ووضع أسس ما سيكون لاحقا أفضل نادي في العالم.

 
ولم يكن فريق ريال مدريد لكرة القدم يتمتع بعناصر فعالة عندما تقلّد سانتوس رئاسية ريال مدريد، وكان اللاعبون الكبار الذين حققوا انتصارات كبير ما قبل الحرب الاهلية تشتتوا؛ فاعتزل بعضهم اللعب وكان بعضهم الاخر على وشك القيام به فيما تعرض زملاء لهم للنفي خارج اسبانيا.
 
ومنح أنطونيو سانتوس الاستقرار للنادي على مدار ثلاث سنوات، لكنه اضطر الى ترك الرئاسة في عام 1943، نتيجة المباراة العنيفة في نصف نهائي كأس 'الخينيراليسيمو' بين ريال مدريد وبرشلونة. وكانت الاحداث بدأت في مباراة الذهاب التي أجريت في ملعب (ليس كورتس) البرشلوني. هناك سقط الفريق الأبيض (3-0) وفي مباراة العودة في العاصمة الاسبانية أحرز ريال مدريد انتفاضة تاريخية مسجلا (11-1).
 
وقد دفعت الأجواء المعادية والمشحونة التي تزامنت مع المباراتين السلطات السياسية والرياضية بطلب استقالة رئيسي الناديين.  فاستقال كل من أنطونيو سانتوس وانريكي بينييرو. وبكل هدوء سلم الرئيس أنطونيو الرئاسة لخليفته في المنصب سانتياغو برنابيو.