Nach den grundlegenden Verbesserungen, die für die Weltmeisterschaft 1982 vorgenommen wurden, wurde das Stadion weiter ausgebaut und modernisiert. 

In der Saison 1999-2000 wurde ein Modernisierungsprozess mit der Bezeichnung „Proyecto Líder XXI“ durchgeführt. Es wurde eine Vielzahl von Dienstleistungen für Mitglieder und Fans eingerichtet: die Real Madrid Leitung (eine telefonische Informationslinie für Mitglieder und Fans), der telefonische Verkauf von Eintrittskarten (zum ersten Mal in der Geschichte) und die übertragbare und finanzierte Dauerkarte. 

Die Kapazität des Santiago Bernabéu wurde nach Sektoren aufgeteilt und das Stadion wurde neu gestaltet. Das Dritte Amphitheater in der Calle Padre Damián wurde umgestaltet und 9.380 Sitzplätze wurden installiert. Diese kamen zu den 16.000 hinzu, die in der vorangegangenen Saison in verschiedenen Bereichen installiert worden waren. Die Kapazität wurde auf 75.000 Plätze reduziert. Dadurch wurde es möglich, dass alle Sitze des großen Madrider Theaters bestuhlt wurden. 

Als Florentino Pérez Präsident von Real Madrid wurde, rief er den „Masterplan für die Stadioninfrastruktur“ ins Leben. Er plante die technische Erneuerung der Einrichtungen und Infrastrukturen, ihre kommerzielle Nutzung und die Einführung neuer Geschäftsbereiche. Dadurch wurde das Stadion zu einem „Stadion für 365 Tage im Jahr“. Es verfügt über vier Restaurants, die „Tour Bernabéu“ und das größte Sportgeschäft der Welt. 

Der Verein hat die Videoanzeigetafeln, die Lautsprecheranlage und die Umkleidekabinen erneuert. Die neue Fassade von Padre Damian und das Dach wurden eingeweiht. Das Stadion ist dank der 1.300 installierten Heizkörper das am besten beheizte Stadion der Welt. Es ist auch das erste ferngesteuerte Fußballstadion der Welt. Über die integrale Steuereinheit wird das gesamte Bernabéu ferngesteuert. Im Jahr 2007 wurde es von der UEFA in die Kategorie der Elite-Stadien aufgenommen. Es ist eine sportliche, soziale, kommerzielle und geschäftliche Referenz. Ein Beispiel für Modernität, Funktionalität und Verwaltung.