Der Bürgerkrieg brach am 18. Juli 1936 aus und hinterließ das alte Chamartín in einem schrecklichen Zustand. Eine große Summe Geld musste investiert werden, um die vielen Schäden zu beheben. Im Oktober 1939 wurde es für das erste Derby der Nachkriegszeit wiedereröffnet, bei dem Real Madrid mit 2:1 gegen Atlético Madrid gewann. Die Fans ließen auch nach dem Krieg nicht locker und das Stadion war bis auf den letzten Platz gefüllt. Nach mehreren Renovierungsarbeiten wurde das Stadion auf insgesamt 25.000 Plätze erweitert, aber das reichte nicht aus, um die große Nachfrage der Fans zu befriedigen. 

Santiago Bernabéu träumte schon seit vielen Jahren vom Bau eines neuen Stadions, und als er 1943 Präsident wurde, setzte er ihn in die Tat um. Er setzte ein großes pharaonisches Projekt in Gang, das 100.000 Zuschauer fassen sollte. Ein beeindruckendes Stadion, in dem die glanzvollsten Seiten der Geschichte von Real Madrid geschrieben werden sollten. Das neue Chamartín wurde das beste Stadion in Europa und eines der modernsten der Welt. Bei der Einweihung im Dezember 1947 schlug Real Madrid den portugiesischen Meister Os Belenenses mit 3:1. Barinaga war der Schütze des ersten Tores, das in diesem Stadion erzielt wurde. 

In dieser Zeit wurde das Spielfeld, das später zum Santiago Bernabéu Stadion wurde, ständig verbessert.