Il fut chargé de diriger le Real Madrid dans la première période de l'après-guerre. Le pays vivait alors des moments difficiles, avec des libertés politiques, sportives et économiques restreintes. Sa tâche n'était pas aisée. Il devait reconstruire les fondations du futur meilleur club du monde.
 
Lorsqu'il arriva à la tête du club, l'équipe n'était pas encore composée de joueurs de qualité. Les grands joueurs de 1936 n'étaient plus dans le groupe. Certains avaient décidé de raccrocher les crampons, ou y songeaient fortement, d'autres avaient fui le pays.
 
Pendant trois ans, Antonio Santos a donné de la stabilité au club, mais en 1943, il est contraint de céder sa place. Cet évènement survient à la suite de la violente demi-finale de la Copa del Generalísimo, entre le Real Madrid et Barcelone. Les affrontements ont commencé lors du match aller, organisé à Les Corts. Là-bas, les Madrilènes perdirent 3-0. Mais lors du match retour, le club de la capitale remporta un match historique, gagné 11-1. 
 
L'ambiance hostile entre les deux clubs rivaux força les autorités sportives et politiques à demander la démission des deux présidents. Antonio Santos et Enrique Piñeyro finirent par démissionner. Et c'est avec la sérénité qui le caractérise que le dirigeant galicien passa le flambeau à Santiago Bernabéu.