Après les aménagements importants réalisés à l’occasion de la Coupe du monde 1982, le stade continue à grandir et à être modernisé.

Lors de la saison 1999/2000, un processus de modernisation connu sous le nom de ‘Projet Leader XXI’ est lancé. Une multitude de services sont mis en place pour aider les socios et les supporters : la Ligne Real Madrid (ligne téléphonique d’information pour les socios et les supporters), la vente de billets par téléphone (pour la première fois de l’histoire) et l’abonnement transférable et financé.

La capacité du Santiago Bernabéu est répartie par secteurs et le stade est reconfiguré. Le troisième amphithéâtre de la rue Padre Damián est rénové et 9 380 sièges sont installés. Ceux-ci viennent s’ajouter aux 16 000 qui avaient été installés durant la saison précédente dans différents secteurs. La capacité est ramenée à 75 000 places, le grand théâtre du Real réussissant à toutes les rendre assises.

En arrivant à la présidence du Real Madrid, Florentino Pérez lance le ‘Plan directeur des infrastructures du stade’. Ce plan a pour objectif la mise à jour technique des installations et des infrastructures, leur exploitation commerciale et la  création de nouvelles activités. Résultat, le stade devient ainsi un stade ouvert 365 jours par an. Il compte quatre restaurants, le ‘Tour Bernabéu’ et le plus grand magasin de sport du monde.

Le club change les tableaux d’affichage, le système de sonorisation et les vestiaires, alors que la nouvelle façade de la rue Padre Damián et le toit sont inaugurés. Le stade est le mieux chauffé au monde grâce aux pas moins de 1 300 radiateurs installés. Il devient également le premier stade de football contrôlé à distance au monde. Grâce à l’unité de contrôle intégrale, l’ensemble du Bernabéu est contrôlé à distance. En 2007, l’UEFA l'inclut dans la catégorie des stades d’élite. C’est une référence sportive, sociale, commerciale et entrepreneuriale. Un exemple de modernité, de fonctionnalité et de gestion.