La guerre civile éclate le 18 juillet 1936 et laisse le vieux Chamartín dans un état épouvantable. Pour le rénover et réparer les nombreux dégâts, de grosses sommes d’argents sont investies. En octobre 1939, le stade rouvre ses portes avec le premier derby de l’après-guerre, que les Madridistas remportent face à l’Atlético de Madrid (2-1). L’amour des supporters pour leur club ne s’est pas éteint pendant la guerre, preuve en est le stade est plein à craquer. Après de nombreux travaux, le stade est agrandi pour finalement atteindre la capacité de 25 000 places, mais cela ne suffit toujours pas pour répondre à l’énorme demande venant des supporters.

Santiago Bernabéu rêvait de construire une nouvelle enceinte depuis de nombreuses années. Si bien que lorsqu’il devient président en 1943, il en fait une réalité. Il met en oeuvre un grand projet pharaonique pouvant atteindre la capacité de 100 000 spectateurs. Un stade impressionnant dans lequel les pages les plus glorieuses de l’histoire du Real Madrid allaient être écrites. Le nouveau Chamartín devient alors le meilleur stade d’Europe et l’un des plus modernes du monde. Lors de son inauguration en décembre 1947, la formation madrilène bat les champions du Portugal d’Os Belenenses (3-1), Barinaga étant le premier buteur de l’histoire du stade.

Durant cette époque, le stade ne cesse de s’améliorer et, bientôt, prendra le nom de stade Santiago Bernabéu.