1982年ワールドカップのために大規模な改修が行われた後も、スタジアムは拡張と近代化が続けられた。

1999-2000シーズンには「プロジェクトリーダー XXI 」と呼ばれる近代化プロセスが実施された。それはクラブ会員とサポーターを支援するためのレアル・マドリード・ライン（クラブ会員とサポーターのための電話案内）、チケットの電話販売（史上初）、譲渡可能で分割払い可能なシーズンチケットの販売などである。

サンティアゴ・ベルナベウの収容人数をセクターごとに分け、スタジアムの案内が再設置された。パドレ・ダミアン通りにあるアンフィテアトロ3階が改築され、9,380席が設置された。これは前シーズン中に別の場所に設置された16,000席に追加されたものである。収容人数は75,000席に減少した。マドリードの大劇場は、すべての座席を客席として利用できるようになった。

フロレンティーノ・ペレスがレアル・マドリードの会長に就任すると、「スタジアム・インフラストラクチャー・ディレクタープラン」を立ち上げた。この計画では施設とインフラの技術的な更新、商業的な活用、新しいビジネスラインの導入が想定された。これにより「365日スタジアム」となった。4つのレストラン、「ベルナベウ・ツアー」、そして世界最大のスポーツショップがある。

クラブはビデオスコアボード、拡声システム、ロッカールームを変更した。パドレ・ダミアン通りの新しいファサードと屋根が完成した。スタジアムに1,300台のヒーターが設置され、世界最高の暖房設備の整っている。また、世界初の遠隔管理されたサッカースタジアムでもある。ベルナベウ全体がインテグラル・コントロール・ユニットにより遠隔管理されている。2007年、UEFAはエリートスタジアムのカテゴリーに加えた。このスタジアムはスポーツ、社会、商業、ビジネス、そして現代性、機能性、管理における模範である。