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Le siècle nouveau a amené de nombreux changements dans le basket. La création de l’Euroleague, les changements de normes et la composition des effectifs et l’internationalisation de la NBA. Pour la section, cette décennie s’est caractérisée pour son ambition à augmenter son palmarès et le prestige du club.
Lors de la saison 2000-01, est née une nouvelle compétition : l’Euroleague. Avec elle, les clubs ont adapté la Coupe d’Europe (ensuite appelée Ligue Européenne) aux temps nouveaux. Le match inaugural a été un Real Madrid-Olympiakos disputé dans le vieux gymnase de la Ciudad Deportiva, renommé Raimundo Saporta en 1999. Ce n’était pas le fruit du calendrier mais une reconnaissance à l’équipe reine d’Europe.
De la longue liste des finales disputées par le Real Madrid dans son histoire, celle de l’ACB de 2005 a été l’une des plus incroyables. La série pour le titre contre le Tau en était à son cinquième match, sur le parquet de Vitoria. Le duel était équilibré, mais dans les dernières minutes, l’équipe locale se détachait. Avec une avance de huit points à 42 secondes de la fin, ses supporters fêtaient déjà la Liga. Le Real ne s’est pas rendu, enchaînant les attaques rapides avec une bonne défense, pour revenir au tableau d’affichage. Alberto Herreros donnait un avantage définitif de 69-70 grâce à un trois points depuis le corner qui est entré dans l’histoire. Pour le titre qu’il ramenait et parce que c’était sa dernière action en tant que joueur de basket. L’ailier madrilène mettait fin à sa carrière en tant que meilleur marqueur de l’histoire de l’ACB (8995 points) pour ensuite incorporer la direction sportive de la section.
En 2006, le Real Madrid confiait les commandes de l’équipe à Joan Plaza, qui était encore entraîneur assistant la saison passée. Le résultat de ce changement a été la création d’un bloc qui a émerveillé l’ACB avec des joueurs qui sont passés dans l’histoire de la sélection comme Felipe Reyes (MVP de la finale) et Louis Bullock. En 2007, le Real remportait la Coupe ULEB, son premier titre européen depuis 1997. Une autre réussite de cette saison a été l’éclosion d’un jeune meneur appelé Sergio Llull.