बहु-प्रतीक्षित खिताब
32 साल के लंबे इंतजार के बाद राउल, करीमबे और मोरींटेस ने टीम को यूरोपियन कप जिताने में कामयाबी हासिल की।
जॉर्ज वाल्डानो, फैबियो कैपेलो और विसेंट डेल बोस्क इस दशक के यादगार नाम थे। तीन सफल कोच रियल मैड्रिड को ला लीगा और यूरोप में शीर्ष पर ले गए और इस दौरान टीम के कुछ सुपस्टार्स ने कमाल का प्रदर्शन किया और अपनी छाप छोड़ी। रेडोंडो, लॉड्रप, सीडॉर्फ, सुकर, मिजाटोविक और रॉबर्टो कार्लोस जैसे खिलाड़ी 90 के दशक में क्लब में आए।
टेनेरिफ़ में उनकी टीम ने आकर्षक और कमाल की फुटबॉल खेली और अपनी काबिलियत को साबित किया। वाल्डानो 1994 में रियल मैड्रिड लौट आए। नए नवेले खिलाड़ी रेडोंडो, लॉड्रप, अमाविस्का और कैनिज़ारेस के साथ, मैड्रिड टीम ने लीग खिताब अपने नाम किया। उसी सीज़न में, यूथ-एकेडमी के खिलाड़ी राउल ने डेब्यू किया। 29 अक्टूबर को 17 साल की उम्र में, मैड्रिड का युवा खिलाड़ी ला रोमारेडा में खेले जाने वाले मैच के लिए मार्टिन वेज्केज की जगह टीम में शामिल हुआ, जहां उन्होंने कमाल कमाल का प्रदर्शन किया। इस तरह से नए स्टार का उदय हुआ।
1995 की शुरुआत में, वाल्डानो की रियल मैड्रिड ने सैंटियागो बर्नाब्यू में जोहान क्रूफ़ की बारका को 5-0 से हराया। यह एक जादुई खेल था जिसे टीवी पर प्रसारित किया गया और इसे 10 मिलियन से ज्यादा दर्शकों ने देखा। लेकिन 95-96 सीज़न में खराब नतीजों ने लोरेंजो सान्ज़ को फैबियो कैपेलो को वापस लाने के लिए मजबूर किया, जो यूरोपीय फुटबॉल में सबसे अधिक मांग वाले कोचों में से एक थे। इतालवी कोच के पास एक सपनों सीरीखी टीम थी। सेडॉर्फ, सूकर, मिजाटोविक और रॉबर्टो कार्लोस को साइन करने के बाद राउल, हायरो और रेडोंडो के साथ मिलकर मैड्रिड को कैपेलो ने नया खिताब दिलवाया।
20 मई 1998 क्लब के लिए एक ऐतिहासिक दिन था। 32 वर्षों के बाद, और जुप हेन्केस के आदेशों के तहत, रियल मैड्रिड ने चैंपियंस लीग के फाइनल में जुवेंटस को हराकर एक बार फिर यूरोप पर विजय प्राप्त की। 66 वें मिनट में पेड्जा मिजाटोविक के एक गोल ने एम्स्टर्डम एरिना से सातवें नंबर के खिलाड़ी को सेंटियागो बर्नाब्यू ट्रॉफी रूम भेज दिया। उस साल दिसंबर में, इस बार गुस हिडिंक के हाथों, मैड्रिड ने अपना दूसरा इंटरकांटिनेंटल कप जीता।
1999 में, एक खिलाड़ी के रूप में क्लब से जिंदगीभर जुड़े रहने के बाद, विसेन्ट डेल बोस्क पहले टीम मैनेजर के रूप में लौटे। सलामांका का यह खिलाड़ी जो अब मैनेजर बन चुका था टीम को एक फिलॉस्फी सिखाने में कामयाब रहा जिसने उन्हें महाद्वीप में सर्वश्रेष्ठ बना दिया। उनका पहला खिताब 2000 में आया: आठवां यूरोपीय कप। उसी वर्ष, फ्लोरेंटिनो पेरेज़ (एनलाज़र फ़िचा) ने प्रेसिडेंट पद संभाला और इस दुनिया के सर्वश्रेष्ठ खिलाड़ियों में से एक लुइस फिगो को साइन किया।
2 अप्रैल 1992 को, एक सड़क दुर्घटना में मैड्रिड के आदर्श जुआनितो की मौत हो गई। मलागा का यह खिलाड़ी सैंटियागो बर्नाब्यू में रियल मैड्रिड और टोरिनो के बीच यूईएफए कप मैच में मौजूद था। मैच के बाद वह वापस मेरेडा जा रहे थे, जहां वह मैनेजर के रूप में कार्यरत थे, इसी दौरान उनका एक्सिडेंट हो गया। रियल मैड्रिड स्टेडियम में मैड्रिड के इस खिलाड़ी को हमेशा बहुत पसंद किया गया, और वह "इल्ला, इल्ला, इल्या, जुआनितो माराविला" गीत के पीछे की प्रेरणा हैं, जो हर मैच के सातवें मिनट में गाया जाता है।
1991-1992 यूईएफए कप में, रियल मैड्रिड ने डचों के यूरोप में दबदबे को खत्म कर दिया। उनकी टीमों को एक दशक से ज्यादा समय से यूरोपीय प्रतियोगिता में घर पर कोई नहीं हरा पाया था। रियल मैड्रिड ने उट्रेच को 1-3 से हराया। इस दौरान रोस्ट ने खुद गोल किया और बाकी एक-एक प्रोसिन्की और विलारोया ने किए।
क्लब के 50 से ज्यादा खिताबों की वजह से फीफा ने साल 1998 में रियल मैड्रिड को 'बेस्ट क्लब इन हिस्ट्री बताया'। डि स्टीफेनो और पुस्कस को सर्वश्रेष्ठ 10 खिलाड़ियों में चुना गया। 1997 के 18 स्टैंडआउट खिलाड़ियों के रूप में रॉबर्टो कार्लोस, राउल, सुकर और मिजाटोविक को भी प्रशंसा मिली। साल 2000 में एक और यूरोपियन कप जीतने के बाद, रियल मैड्रिड को 'बेस्ट क्लब ऑफ द ट्वेंटीथ सेंचुरी' के रूप में चुना गया।
12 साल से अधिक समय तक एक खिलाड़ी और एक कोच के रूप में क्लब की सेवा करने के बाद, अल्फ्रेडो डी स्टेफेनो को साल 2000 में रियल मैड्रिड का सम्मानीय अध्यक्ष नामित किया गया था। यह निर्णय फ्लोरेंटिनो पेरेस की अध्यक्षता में नए निदेशक मंडल द्वारा आयोजित पहले सत्र के दौरान लिया गया था। इसे 5 नवंबर को प्रतिनिधि सदस्य महासभा द्वारा अनुमोदित किया गया था।