حاول النادي الملكي في هذه المرحلة تجاوز اثار الحرب الاهلية الاسبانية (1936-1939) التي جردت النادي من اهم شخصياته الرمزية. وتم ضم عدد من اللاعبين المهمين الى صفوف الفريق من أمثال برودن وكورونا وبانيون. وفي عام 1943، وفي نصف النهائي من كأس الملك، تواجه ريال مدريد وبرشلونة، وانتصر برشلونة بنتيجة (3-1) في مباراة الذهاب الا ان ريال مدريد سحق خصمه بفضل أداء متميز في مباراة العودة محققا نهضة حقيقة ليفوز بنتيجة (11-1). وهنا ولد التنافس الازلي بين الفريقين.
 
 
وفي 15 سبتمبر عام 1942 عُيّن سانتياغو برنابيو Santiago Bernabéu  رئيسا للنادي، وبدأت معه ولاية اسطورية أدرك فيها النادي آفاقا عظيمة. لاسيما ان سانتياغو تولى وهو الذي كانت تراوده فكرة توطيد أواصر الوئام بين جميع النوادي الرياضية. وفي عام 1948 عين برنابيو رئيس شرف للنادي الملكي " تكريما لأعماله الطيبة وجهوده الكبيرة في سبيل النادي".
 
وحقق النادي الملكي لقب كاس ملك إسبانيا في عام 1946، أي بعد عشر سنوات من آخر لقب حصل عليه في المسابقة. وفي التاسع من شهر يونيو عام 1949 واجه الفريق الملكي فريق (فالنسيا) في المباراة النهائية بالبطولة على ملعب (مونتجويك) واثبت فيها تفوقه بجدارة محققا نتيجة (3-1) ويحصل من جديد على لقب كأس ملك إسبانيا. وقلّد عمدة مدينة مدريد اللاعب ابينيا Ipiña  الميدالية الرياضية لخوضه 237 مباراة رسمية مع الفريق فيما سلم المدرب واللاعبين محفظة جلدية فيها (ألف بيسيتا وهي العملة القديمة ل إسبانيا) أي ما يعادل اليوم ستة يورو.