Der Verein hatte nun die Aufgabe, die Folgen des Bürgerkrieges (1936-39) zu lindern, da viele der bedeutendsten Figuren den Verein verlassen hatten. Es gab wichtige Erwerbungen, wie die von Pruden, Corona und Bañón. Im Jahre 1943 tritt Real Madrid im Halbfinale des spanischen Pokals gegen Barcelona an. In Les Corts gewannen die „Azulgranas” 3-0. Im Rückspiel konnten die Königlichen ihren Gegner dank einem außerordentlichen Comeback, in dem Real 11-1 siegte, bezwingen. Hier wurde die ewige Rivalität zwischen beiden Klubs geboren.

Am 15. September 1943 begann das Mandat von Santiago Bernabéu als Präsident des Vereins. Er führte ein sagenhaftes Mandat, in welchem der Verein Großes vollführte. Er übernahm die Verantwortung mit der Absicht, solide Beziehungen mit allen anderen Vereinen zu bilden. 1948 wurde er aufgrund seiner unermüdlichen Arbeit und großen Wohltaten für die „Sociedad Real Madrid Club de Fútbol” zum Ehrenpräsidenten von Real Madrid ernannt.

Zehn Jahre nach dem letzten errungenen spanischen Pokal trafen sich Real Madrid und Valencia im Finale (9. Juni 1946). In Montjuïc erwies sich Real Madrid mit einem 3-1 Sieg als klarer und unbestreitbarer Sieger, welcher einen neuen spanischen Pokal für den Verein sicherte. Der Bürgermeister von Madrid überreichte Ipiña die Medaille des Sports der Stadt für seine 237 offiziellen Einsätze. Jeder Spieler und auch der Trainer bekamen eine Lederbrieftasche und tausend Pesetas (6€).